Knudsen er utdannet ved Danmarks journalisthøjskole 1983-87. Han har arbeidet som journalist og redaktør i månedsbladet Press, Information og Weekendavisen. Siden 2003 har han arbeidet som forfatter.
Sammen med Lars Von Trier laget han i 1996 åtte episoder av tv-eksperimentet Marathon for Dannmarks Radio. Peter Øvig Knudsen har skrevet en rekke bøker. På norsk foreligger Etter drapet. Han mottok den store journalistprisen i Danmark for sitt arbeid med Blekingegadebanden.